O Sistema de Controle Interno surgiu com a necessidade de se criar um mecanismo de gestão capaz de controlar a eficiência dos gastos e da arrecadação, o cumprimento ou não dos objetivos prioritários para o interesse da sociedade.
A implantação do Sistema de Controle Interno está estabelecido na C.F/88 nos artigos 31 e 70.
Sobre a Secretaria de Controle Interno, ela tem como principal função a de Órgão Fiscalizador, a fim de defender o patrimônio público.
Entre as suas atribuições legais está a de exercer Orientação Normativa, Prevenção e a principal o combate a corrupção, além de colaborar no controle sobre o cumprimento das metas estabelecidas no PPA e na LDO.
O Controle Interno, também avalia e fiscaliza a execução dos contratos de gestão com órgãos públicos, empresas estatais, organizações não governamentais e empresas privadas prestadoras de serviços públicos.
Resumindo, o Controle Interno é um órgão fiscalizador, e sua principal função é a de promover a orientação antes da fiscalização.